虽然转基因食品研究历史只有短短几十年，但其提高产量、增强自身抗病抗虫等优点较为明显，另一方面，其潜在的风险，如过敏性、毒性及对环境影响也令世人关注。
首先是毒性问题。一些研究学者认为，对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。
其次是过敏反应问题。对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏，比如：科学家将玉米的某一段基因加入到核桃、小麦和贝类动物的基因中，蛋白质也随基因加了进去，那么，以前吃玉米过敏的人就可能对这些核桃、小麦和贝类食品过敏。
第三是营养问题。科学家们认为外来基因会以一种人们目前还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。
第四是对抗生素的抵抗作用。当科学家把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
第五是对环境的威胁。在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一次实验室研究中，一种蝴蝶的幼虫在吃了含杆菌基因的马利筋属植物的花粉之后，产生了死亡或不正常发育的现象，这引起了生态学家们的另一种担心，那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者。
最后，生物学家们担心为了培养一些更具优良特性，比如说具有更强的抗病虫害能力和抗旱能力等，而对农作物进行的改良，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种。
反对者：“伊尔玛科娃试验”、“普兹泰实验”两个著名实验
1998年秋，英国阿伯丁罗威特研究所的一位叫阿帕德•普兹泰的生物科学家在应邀出席的电视节目中宣布了他的一个实验结果：通过观察用含有转基因的土豆饲养的大老鼠，他发现，实验鼠的内脏器官生长异常，体重减轻，免疫系统也被破坏。这个结果在全世界范围内引起了震动。
但随后不久，专门负责对该实验进行审查的英国皇家学会却宣布，这项实验存在6条明显缺陷：无法确定转基因和非转基因土豆的化学成分有差异；对参与实验的大老鼠未做蛋白质补充；由于饲喂的食物不是大老鼠的标准食物，因此缺乏统计学意义；试验设计差，未作双盲测定；统计方法不当；试验结果无一致性等。这一实验基本被否定。
2002年，英国纽卡斯尔的研究人员再次宣布，转基因食品中的DNA片段能进入人体肠道中的细菌体内，这似乎证明，肠道的菌群会对抗生素产生抗性。
为此，英国食品标准协会委托哈里•吉尔伯特等学者进行转基因食品安全的第一个人体实验。他们给12名健康的志愿者和7名切除过部分结肠的志愿者吃了含有转基因大豆的汉堡包和牛奶冰激凌。
实验结果是，健康者的粪便中没有发现转基因大豆的转基因，但在那些做过结肠切除术的受试者粪便中，确实发现了3.7％的转基因大豆残留基因。这一结果表明：确实有极少量的细菌摄入了大豆转基因。
除此之外，德国耶拿大学、慕尼黑技术大学、不伦瑞克大学和联邦肉类研究所也共同进行过一项名为“通过食物链的基因转移”研究。研究人员用转基因玉米制成颗粒饲料喂养实验动物，结果发现，这些动物的肌肉和器官里都存在玉米的遗传DNA片断。
支持者则指出，这些试验都存在严重瑕疵，不为主流科学界所接受。
转基因种子都经过了严格安全实验，中短期可以肯定无害，也没有足够的证据证明长期食用转基因食品对人体健康有害。
从本质上讲。转基因生物和常规育成的品种是一样的，两者都是在原有的基础上对某些性状进行修饰，或增加新性状，或消除原有不利性状。常规育成的品种仅限于种内或近缘种间。而转基因植物中的外源基因可来自植物、动物、微生物。虽然目前的科学水平还不能完全精确地预测一个外源基因在新的遗传背景中会产生什么样的相互作用，但从理论上讲，转基因食品是安全的。所有的基因的化学成分都是核酸，所以不管是水稻原有的，还是后期人为转入的，在进入人的消化道后都会被消化掉，而不会被人体细胞直接吸收、利用，更不会直接整合到人体的基因中。而且现在的转基因都是指基因修饰，也就只是在原有功能上做的修饰，增强或是减弱其功能，并没有改变原有的功能，而其所谓的‘新蛋白’还是与原有的蛋白功能一样，其安全性在理论上与原有蛋白一致。当然如果修饰过大，即有可能改变了其基本结构和功能，则是另外一回事了。这就类似于整容，只是在原有基础上做修饰或改变，而人体的本质特征或基本构造仍旧不变，并不会完全变成一个陌生的人。
